Ο προϊστάμενος της Γραμματείας έχει την ευθύνη για όλες τις διοικητικές υποθέσεις της υπηρεσίας και ασκεί τον έλεγχο και την εποπτεία σε αυτά. Είναι υπεύθυνος για την ορθή διεκπεραίωση των εγγράφων, για την τήρηση Αρχείου αδειών, αυθαιρέτων και όλης της αλληλογραφίας. Φροντίζει για τον έλεγχο των φορολογικών των αδειών από το αρμόδιο γραφείο της επιβολής προστίμου αυθαιρέτων από τη διεκπεραίωσή τους.

Γραφείο Πρωτοκόλλου
Επιμελείται της παραλαβής, της πρωτοκόλλησης, ευρετηρίασης, συσχέτισης αυθημερόν όλης της εισερχόμενης αλληλογραφίας της Δ/νσης και της αμέσου διανομής αυτής στα αρμόδια τμήματα και γραφεία για ενέργεια.
Επιμελείται της γρήγορης διεκπεραίωσης και ταχυδρόμησης όλων των εξερχόμενων εγγράφων της Δ/νσης. Τηρεί όλα τα κατά το νόμο σχετικά βιβλία.

Γραφείο Αρχείου
Τηρεί το αρχείο αδειών αυθαιρέτων και είναι αρμόδιο για τη χορήγηση επικυρωμένων φωτοαντιγράφων από τα στοιχεία των φακέλων.

Γραφείο φορολογικών
Ελέγχει το φάκελο που υποβάλλεται για έλεγχο οικοδομικής άδειας ως προς τα οικοδομικά στοιχεία που πρέπει να καταβάλλονται (εισφορές-κρατήσεις).
Είναι αρμόδιο για τον υπολογισμό προστίμων αυθαιρέτων.